Preparation Courses
SIRE 604 Preparatory Course in Molecular & Cellular Biology for Medical Bioinformatics
Physical structure of cell and organelles, cell division and cell cycle, structures of gene, chromosome and genome, chemical structure of genetic materials, genetic code and codon, transcription, translation, Mendelian principles, mutation, polymorphism, genetic diseases, basic laboratory equipment, PCR, Sanger sequencing
SIRE 605 Preparatory Course in Computer Science for Medical Bioinformatics
Computer system, computer hardware, software, operating system, network systems, basic programming, operator, python programming language
Required Courses
SIRE 503 Medical Bioinformatics
The foundation of bioinformatics, DNA sequencing data, protein sequencing data, gene expression data through RNA and protein expression levels, important bioinformatics databases, laboratory technologies and equipment related to bioinformatics, the Next-Generation Sequencing (NGS) technology, the DNA sequence analysis, the genome assembly, the protein sequence analysis, the protein folding prediction, protein structure modeling, gene mapping, the phylogenetic analysis; applying bioinformatics to medical science, the disease diagnosis and prediction, the drug discovery, the precision medicine and gene therapy by using medical specimens, human genome and human genetic data
ความรู้เกี่ยวกับงานชีวสารสนเทศ ข้อมูลรหัสพันธุกรรม ข้อมูลลำดับรหัสโปรตีน ระดับการแสดงออกของยีนต่าง ๆ ในระดับอาร์เอ็นเอ และโปรตีน ฐานข้อมูลที่สำคัญที่ใช้ในงานชีวสารสนเทศ เทคโนโลยีและเครื่องมือในห้องปฏิบัติการที่เกี่ยวข้องกับงานชีวสารสนเทศ เทคโนโลยีเอ็นจีเอส การวิเคราะห์ลำดับเบส การเปรียบเทียบลำดับเบส การจัดเรียงลำดับรหัสโปรตีน การทำนายโครงสร้างโปรตีน การจัดโครงสร้างโปรตีน การค้นหายีน หรือ การสร้างหุ่นจำลองของวิวัฒนาการ การประยุกต์ใช้ข้อมูลชีวสารสนเทศในงานด้านการแพทย์ การวินิจฉัยโรคพยากรณ์ความเสี่ยงการค้นหายาตัวใหม่ การให้การรักษาอย่างเฉพาะเจาะจง การบำบัดด้วยยีนจากตัวอย่างทางการแพทย์ จีโนมมนุษย์และรหัสพันธุกรรมของมนุษย์เป็นฐานข้อมูล
SIRE 504 Programming in Bioinformatics
Important tools for bioinformaticians, handling and manipulating big data, fundamentals of the linux operating system, the command interpreter system shell, the python script programming, fundamentals in database
เครื่องมือสำคัญสำหรับนักชีวสารสนเทศ การทำงานและจัดการกับข้อมูลขนาดใหญ่ พื้นฐานของระบบปฏิบัติการลีนุกซ์ ระบบแปลคำสั่งเชลล์ การเขียนโปรแกรมด้วยภาษาไพธอน ระบบฐานข้อมูลเบื้องต้น
SIRE 505 Medical Genetics
Principles of genetics, the pedigree analysis, patterns of the inheritance, the risk calculation, population genetics, genetic mechanisms and human diseases, mutations and polymorphisms, chromosomal abnormalities, single gene diseases, polygenic diseases, epigenetics, genetics in medicine, genetic testing, the treatment of genetic diseases, genetic counseling, ethical and social issues in genetics
หลักการทางพันธุศาสตร์ การวิเคราะห์พงศาวลี รูปแบบการถ่ายทอดทางพันธุกรรม การคำนวณความเสี่ยง พันธุศาสตร์ประชากร กลไกทางพันธุศาสตร์และการก่อโรคในมนุษย์ การกลายพันธุ์และความหลากหลายในประชากร ความผิดปกติของโครโมโซม โรคทางพันธุกรรมที่มีสาเหตุจากยีนเดียว โรคทางพันธุกรรมที่มีสาเหตุร่วมกันจากหลายยีน พันธุศาสตร์ด้านกระบวนการเหนือพันธุกรรม พันธุศาสตร์ทางการแพทย์ การทดสอบทางพันธุศาสตร์ การรักษาโรคทางพันธุกรรม การให้คำปรึกษาทางพันธุศาสตร์ จริยธรรมและปัญหาทางสังคมที่เกี่ยวข้องกับพันธุศาสตร์
SIRE 506 Design and Analysis in Genetic Studies of Human Diseases
Principles of genetics studies of complex and Mendelian disorders in the human population, basic concepts in genetic epidemiology; concepts of the study design, basic statistical analysis, interpretation, inference, strengths and limitations of study designs; an overview of related laboratory techniques, genotyping technology, sequencing technology, concepts of the linkage analysis, genetic association studies , genome-wide association studies, next-generation sequencing technologies for genetic studies, the analysis of genetic data using computer software, concepts of application of the genome technology in personalized medicine and public health
หลักการของการศึกษาทางพันธุศาสตร์ในประชากรมนุษย์กลุ่มโรคที่ซับซ้อนและกลุ่มโรคพันธุกรรมชนิดเมนเดลเลี่ยน หลักการของระบาดวิทยาพันธุศาสตร์ หลักการของการออกแบบงานวิจัย การวิเคราะห์ทางสถิติพื้นฐาน การแปลผล และการอนุมาณพื้นฐานทางสถิติ จุดแข็งและจุดอ่อนของรูปแบบการวิจัย ภาพรวมของเทคนิคในห้องปฏิบัติการที่เกี่ยวข้อง เทคโนโลยีการตรวจจีโนไทป์ เทคโนโลยีการตรวจหาลำดับนิวคลีโอไทด์ หลักการวิเคราะห์การถ่ายทอดทางพันธุกรรม การศึกษาความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม การศึกษาความสัมพันธ์ระดับจีโนม เทคโนโลยีการตรวจลำดับนิวคลีโอไทด์ยุคใหม่เพื่อการศึกษาทางพันธุศาสตร์ การวิเคราะห์ข้อมูลทางพันธุศาสตร์โดยโปรแกรมคอมพิวเตอร์ แนวคิดการนำเทคโนโลยีทางพันธุศาสตร์ไปใช้สำหรับการแพทย์เฉพาะบุคคลและการสาธารณสุข
SIRE 509 Seminar in Medical Bioinformatics I
Techniques in analyzing, criticizing, presenting key findings, the research rational, the experimental approach, results from published research articles in medical bioinformatics or other related fields; techniques in discussions and question handling; practising summarizing the key massages from presentations
เทคนิคการวิเคราะห์ วิจารณ์ นำเสนอสาระสำคัญ ที่มาของประเด็นปัญหา วิธีการวิจัย ผลการวิจัย จากบทความวิจัยทางชีวสารสนเทศทางการแพทย์ หรือสาขาอื่นที่เกี่ยวข้อง เทคนิคการอภิปรายให้ข้อคิดเห็นและตอบข้อซักถาม ฝึกการจับประเด็นใจความสำคัญและสรุปเนื้อหางานวิจัยที่ได้รับฟัง
SIRE 510 Seminar in Medical Bioinformatics II
Techniques for selecting the trustworthy and relevant scientific articles; techniques in analyzing, criticizing, presenting key findings, research rationales, experimental approach, results from published research articles in medical bioinformatics or other related fields; techniques in discussions and question handling; practising summarizing the key massages from the presentations
เทคนิคการเลือกบทความวิจัยที่น่าเชื่อถือ เทคนิคการวิเคราะห์ วิจารณ์ นำเสนอสาระสำคัญ ที่มาของประเด็นปัญหา วิธีการวิจัย ผลการวิจัย จากบทความวิจัยทางชีวสารสนเทศทางการแพทย์ หรือสาขาอื่นที่เกี่ยวข้อง เทคนิคการอภิปรายให้ข้อคิดเห็นและตอบข้อซักถาม ฝึกการจับประเด็นใจความสำคัญและสรุปเนื้อหางานวิจัยที่ได้รับฟัง
SIRE 511 Linux and Bioinformatics Data Skills
Important skills and tools for bioinformaticians for handling and manipulating data for reproducible research; fundamentals of the linux operating system; an introduction to linux with basic commands; Linux commands for working with file and directory; commanding line operations and text editors; manipulating text and basic shell scripts; an introduction to virtual machines, remote machines, cloud server, software installation, container technology, git and the version control system
ทักษะและเครื่องมือที่สำคัญสำหรับนักชีวสารสนเทศในการจัดการข้อมูลขนาดใหญ่เพื่องานวิจัยที่ทำซ้ำได้ พื้นฐานของระบบปฏิบัติการลีนุกซ์ นะนำลีนุกซ์ด้วยคำสั่งพื้นฐาน คำสั่งลีนุกซ์สำหรับการทำงานกับไฟล์และไดเรกทอรี การดำเนินงานคำสั่งและโปรแกรมแก้ไขข้อความ การจัดการข้อความและสคริปต์เชลล์ขั้นพื้นฐาน แนะนำเครื่องเสมือน เครื่องทางไกล และเซิร์ฟเวอร์บนคลาวด์ การลงโปรแกรมและการใช้คอนเทนเนอร์ ระบบจัดการรุ่น
SIRE 516 R Programming for Bioinformaticians
Skill in R programming language for managing bioinformatic data, exploratory data analysis and hypothesis testing, regression analysis, data presentation and visualization
SCID 518 Generic Skills in Science Research Required Courses
Qualities of a good researcher, effective searching of the scientific information; laboratory safety, biosafety, chemical safety, radiation safety and electrical safety; ethics of research in human subjects and experimental animals in science, intellectual property rights, the research misconduct attribution of credit and responsibility; techniques in formulating and writing thesis proposals, research projects, grant applications, research reports and manuscripts for publications
คุณสมบัติของนักวิจัยที่ดี การค้นหาข้อมูลในฐานข้อมูลทางวิทยาศาสตร์อย่างมีประสิทธิภาพ ความปลอดภัยในห้องปฏิบัติการ ความปลอดภัยทางชีวภาพ เคมี รังสี และไฟฟ้า จริยธรรมในการวิจัยในมนุษย์ และการทดลองสัตว์ในด้านวิทยาศาสตร์ สิทธิในทรัพย์สินทางปัญญา การกระทำผิด คุณลักษณะของความรับผิดชอบและการอ้างอิงผลงานวิจัย เทคนิคการสร้างและการเขียนโครงร่าง โครงการวิจัย การเขียนขอทุนวิจัย การเขียนรายงานวิจัย และต้นฉบับเพื่อส่งตีพิมพ์
Elective Courses
SIRE 512 Data Management and Database
Important tools for bioinformaticians; handling and managing the big data; fundamentals in the database; introduction to the basic concept of the database, modelling
and designing the relational database; functional dependency and normalization; using basic SQL commands and creating the database structure by creating and modifying the tables; query processing and backups with the recovery database.
SIRE 513 Microbiome
History of microbiome; classical and modern techniques in Prokaryotic systematics; diversity of Prokaryotics; Strategies in Microbiome study; Using QIIME to analyze
16S rRNA gene sequences; host-microbe interaction; normal flora; microbiome and diseases; mathematical basis for microbiome analysis; association between microbiome and metabolome; current topics in microbiome research
SIRE 514 Molecular Evolution
Concepts in sequence analysis, biodatabases, pairwise sequence alignment, multiple sequence alignment, nucleotide and protein substitutions, molecular phylogenetics, analysis of genome sequencing
SIRE 515 Advanced Bioinformatics
Advance in biodatabase, advance in sequence analysis, advance in molecular evolution, advance in genomics, advance in transcriptomics, advance in microbiomes, advance in proteomics, advance in functional genomics, advance in metabolomics; advance in model for biological pathway, advance in systems biology, advance in structural bioinformatics, advance in human bioinformatics, advance in translational bioinformatics, and advance in cancer bioinformatics
SIRE 517 Spectroscopy Data Analysis
Principles of spectroscopy such as nuclear magnetic resonance (NMR), spectroscopy, gas chromatography-mass spectrometry(GC-MS), liquid chromatography-mass spectrometry (LCMS), data processing and analysis by univariate and multivariate analysis, metabolite identificationspectroscopic methods
SIRE 518 Omics in Practice
Whole genome sequencing using nanopore technology, omics data analysis using multiple bioinformatics tools
SIRE 519 Scientific Communication in Bioinformatics
Developing scientific communication skills for bioinformaticians. Topics include scientific writing, manuscript and abstract preparation, the publishing and peer review process, and short oral research presentations. Students will gain hands-on experience through writing assignments and 10–12 minute conference-style talks, with feedback from instructors and peers. The course prepares students to disseminate their research effectively in academic and professional contexts
