อาจารย์ A.G. Ellis นับเป็น “ดาวดวงเด่น” ที่วงการแพทย์สหรัฐฯ คาดหมายว่าจะมีอนาคตก้าวไกลยิ่ง... จึงเป็นที่ประหลาดใจ เมื่อมีข่าวว่า นายแพทย์ Ellis ปฏิเสธตำแหน่งหัวหน้าภาควิชาพยาธิวิทยา ที่วิทยาลัยแพทย์เจฟเฟอร์สัน เสนอให้ ...หลังจากนั้น เรื่องราวของท่าน ก็หายไปจากวงการแพทย์สหรัฐ
พ.ศ. 2461 มูลนิธิร็อกกี้เฟลเลอร์ จะทำการสำรวจ เพื่อปราบปรามโรคพยาธิปากขอที่กำลังระบาดหนักอยู่ในประเทศในเขตร้อน จึงขอความร่วมมือมายังสยาม ทว่า ในขณะนั้น กิจการแพทย์ของเรากำลังประสบปัญหาอยู่ ศิริราช... โรงเรียนแพทย์ที่มีอยู่แห่งเดียว และตั้งมาแล้วถึง 30 ปี ก็ยังไม่สามารถผลิตแพทย์ได้เพียงพอ
กรมพระยาไชยนาทนเรนทร อธิบดีกรมมหาวิทยาลัย ทรงทราบถึงปัญหาเหล่านั้นอย่างถ่องแท้ จึงทรงขอให้มูลนิธิฯช่วยจัดหาอาจารย์แพทย์มาช่วยปรับปรุงการสอนวิทยาศาสตร์การแพทย์พื้นฐาน ซึ่งเป็นส่วนที่มีมาตรฐานต่ำที่สุดในขณะนั้น มูลนิธิฯ ตกลงให้ความช่วยเหลือ แต่ไม่มีผู้ใดสนใจ นอกจากพยาธิแพทย์ที่ชื่อ Aller G. Ellis เพียงผู้เดียวที่แสดงความประสงค์จะเดินทางมา โดยมีกำหนดเวลาในสัญญา 2 ปี
สิ่งแรก ที่นายแพทย์เอลลิสดำเนินการเมื่อมาถึงสยามในวันที่ 1 กรกฎาคม พ.ศ. 2462 ก็คือ นำวิชาพยาธิวิทยามาสอนใน ศิริราช ทั้งการบรรยาย และปฏิบัติ ย้ายห้องปฏิบัติการที่ตึกเสาวภาคย์ลงมาทำงานที่ชั้นล่าง ห้องปฏิบัติการนี้มีขนาดเล็กมาก ขาดแคลนเครื่องมือหลายอย่าง แต่ก็สามารถทำการตัดชิ้นเนื้อ ตรวจด้วยกล้องจุลทรรศน์และตรวจศพอย่างถูกต้องตามหลักวิชา ทำให้วินิจฉัยโรคได้ถูกต้อง ทั้งยังเป็นสถานที่ที่นายแพทย์เอลลิส ได้มีโอกาสทำงานร่วมกับสมเด็จพระราชบิดา ท่านได้บันทึกไว้ในหนังสือชื่อ “My Fourteen Years at Siriraj” ความตอนหนึ่งมีว่า
“สิ่งที่เป็นโอกาสอันประเสริฐที่สุดคือ การที่ได้ถวายงานสมเด็จเจ้าฟ้ามหิดล ที่เสด็จฯ มาทรงงานที่ห้องปฏิบัติการ... พระกรุณาธิคุณที่ทรงประทาน ถือเป็นสิ่งที่มีค่าสูงสุดในชีวิต”
เพียง 3 เดือนของการปฏิบัติงาน ผลการวินิจฉัยชิ้นเนื้อของผู้ป่วย ก็ได้รับการบันทึก/ลงในสมุดรายงานผลการตรวจ- ทางพยาธิวิทยาเล่มแรก ซึ่งก่อนหน้านี้ ไม่เคยมีวิธีการเช่นนี้ในโรงพยาบาลเลย ติดตามด้วยการตีพิมพ์ผลการ-ตรวจศพในวารสารจดหมายเหตุสภากาชาดสยาม รวมทั้งการจัดตั้ง "พิพิธภัณฑ์พยาธิวิทยา" ขึ้นเป็นครั้งแรกในช่วงเวลาที่ท่าปฏิบัติงาน ทั้ง ๆ มีภาระหน้าที่มากมาย ทว่า นายแพทย์เอลลิส ก็มีผลงานวิจัยที่ได้รับการเผยแพร่ถึง 5 เรื่อง แสดงให้เห็นถึงความเป็นผู้มีความสามารถและพากเพียรยิ่ง
พ.ศ. 2464 เมื่อครบกำหนดสัญญา นายแพทย์เอลลิส ..จึงเดินทางกลับไปทำงานที่ Colorado Springs สหรัฐอเมริกา โดยได้รับค่าตอบแทนอย่างงาม ปีถัดมา มีเหตุการณ์สำคัญเกิดขึ้นกับนายแพทย์เอลลิสพร้อมกันหลายอย่าง เริ่มตั้งแต่ มหาวิทยาลัย เจฟเฟอร์สัน เลือกให้ท่านเป็นศาสตราจารย์ และให้เข้ารับตำแหน่งเป็นหัวหน้าภาควิชาพยาธิวิทยา ...ขณะเดียวกัน สยาม ซึ่งกำลังเจรจาอยู่กับมูลนิธิร้อกกี้เฟลเลอร์เรื่องการปรับปรุงกิจการแพทย์ ก็บรรลุข้อตกลงร่วมกันประการหนึ่ง คือ สยาม จะต้องมีศาสตราจารย์และวิชชาธิการ ในโรงเรียนแพทย์ ซึ่งท่านได้เล่าในภายหลังว่า “เป็นการตัดสินใจที่ลำบากที่สุดในชีวิต ”
สมเด็จพระราชบิดาฯ ซึ่งเป็นผู้แทนฝ่ายไทย ทรงเห็นว่า นายแพทย์เอลลิส เป็นผู้ที่เหมาะสมที่สุด และต้องการตัวกลับไปทำงานที่ประเทศสยาม ศาสตราจารย์เอลลิส ก็ตัดสินใจปฏิเสธข้อเสนอที่น่าสนใจยิ่งนั้น และเลือกที่จะเดินทางกลับมาทำงาน ในสยาม ...มาใช้ชีวิตที่ท่านเลือกลิขิตเอง
การเสียสละครั้งนี้ เกิดประโยชน์ต่อกิจการแพทย์ในประเทศไทยเป็นอย่างมาก เพราะนอกจากกลับมาเพื่อทำหน้าที่เป็นวิชชาธิการในศิริราช และเป็น ศาสตราจารย์พยาธิวิทยาของโรงเรียนแพทย์แล้ว ก็ยังต้องกลับมาทำงานใหญ่ที่ได้วางรากฐานไว้ คือ การปรับปรุงหลักสูตรโรงเรียนแพทย์ ที่ได้รับพระราชทานคำปรึกษาจากสมเด็จพระราชบิดามาโดยตลอด
หลักสูตรแพทย์ที่ปรับปรุงขึ้นใหม่นี้ จะรับนักเรียนที่จบชั้นมัธยม 8 ...ใช้เวลาศึกษา 6 ปี โดยแบ่งการเรียนออกเป็น 3 ช่วง คือ “เรียนเตรียมแพทย์ 2 ปี เรียนปรีคลินิก 2 ปี และเรียนคลินิกอีก 2 ปี”
หลักสูตรนี้ โรงเรียนแพทย์ศิริราชใช้ต่อมาอีกนานถึง 60 ปี และเป็นหลักของหลักสูตรในโรงเรียนแพทย์อื่น ๆ เกือบทุกแห่ง
ขณะเดียวกัน ท่านก็ต้องทำหน้าที่เป็นหัวหน้าแผนกพยาธิวิทยา และเป็นผู้อำนวยการของศิริราช รวมทั้งยังดำรงตำแหน่งคณบดี คณะแพทยศาสตร์ศิริราชไปพร้อมๆ กัน ซึ่งในตำแหน่งหลัง ทำให้มีภารกิจใน การ “สร้าง” ทั้งก่อสร้างโรงพยาบาลศิริราชขึ้นใหม่ และ สร้างบุคลากรทางการแพทย์ ด้วยการส่งแพทย์ที่มีความสามารถไปศึกษาต่อต่างประเทศ เพื่อจะได้กลับมาเป็นหลักของโรงพยาบาลและโรงเรียนแพทย์ ทดแทนศาสตราจารย์ชาวต่างประเทศที่มูลนิธิร็อคกี้เฟลเลอร์จัดหามา
“งานอันหนักหนา” ที่ศาสตราจารย์เอลลิส ได้ทุ่มเทให้... เริ่มปรากฏผลอย่างน่าภาคภูมิใจ เมื่อมีแพทย์ปริญญาสำเร็จการศึกษาเป็นครั้งแรกของประเทศ ใน พ.ศ. 2471 และเข้ารับพระราชทานปริญญาบัตรจากพระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว ในวันที่ 25 ตุลาคม พ.ศ. 2473 ซึ่งเป็นพิธีพระราชทานปริญญาครั้งแรกของประเทศไทย ในพิธีนี้ ยังได้พระราชทานปริญญาแพทยศาสตร์ดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์แก่ ศาสตราจารย์เอลลิสด้วย พระบรมราโชวาทที่ได้พระราชทานในครั้งนั้น มีว่า “...วันนี้ เป็นวันสำคัญอย่างเป็นประวัติการของประเทศไทย...”
ในพ.ศ. 2478 สัญญาระหว่างมูลนิธิร็อกกี้เฟลเลอร์ กับรัฐบาลไทยสิ้นสุดลง แต่ศาสตราจารย์เอลลิส ยังคงทำหน้าที่เดิมอยู่ต่อไป ถึงวันที่ 21 ตุลาคม พ.ศ. 2479 ก็ได้รับแต่งตั้งให้เป็นอธิการบดี จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย กระทั่งเกษียณอายุในพ.ศ. 2481 นับเป็นชาวต่างประเทศคนแรกที่ดำรงตำแหน่งสูงสุดในมหาวิทยาลัยของประเทศไทย
และนำผลการประเมินไปพัฒนาปรับปรุงแก้ไขงานให้มีคุณภาพอย่างต่อเนื่อง