วิชาพยาธิวิทยาในประเทศไทยเริ่มจากการวางรากฐานโดย ศ. นพ. เอลเลอร์ จี. เอลลิส ชมห้องปฏิบัติการทางพยาธิวิทยาในอดีต ที่จำลองพร้อมแสดงเครื่องมือที่ผ่านการใช้งานจริง เรียนรู้การทำงานของหัวใจ และโรคหัวใจประเภทต่างๆ ที่เป็นสาเหตุการตายสำคัญ พัฒนาการและความพิการของทารกในครรภ์มารดา รู้จักโรคมะเร็งชนิดต่างๆ จากตัวอย่างของผู้ป่วยและ หุ่นจำลองนำเสนอแนวทางการป้องกันและรักษาโรคด้วยวิทยาการทันสมัย
หนอนพยาธิ โปรโตซัว และแมลง เป็นสาเหตุของความเจ็บป่วยมาตั้งแต่อดีตจนปัจจุบัน ภายในพิพิธภัณฑ์รวบรวมตัวอย่างจากผู้ป่วย เช่น พยาธิตัวกลม พยาธิตัวแบน โปรโตซัว แมลงนำโรค สัตว์มีพิษ อาหารที่มีปรสิต อวัยวะของผู้ป่วยที่ติดเชื้อปรสิต เป็นต้น มาจัดแสดงประกอบฉากและหุ่นจำลอง เพื่อเป็นแหล่งความรู้ให้ผู้ชมได้ตระหนักถึงอันตรายของปรสิตเหล่านี้ และการหลีกเลี่ยงอาหารที่ทำให้ติดเชื้อปรสิต
งานนิติเวชศาสตร์มีบทบาทสำคัญในการนำวิชาแพทย์และกระบวนการทางวิทยาศาสตร์มาประยุกต์ใช้เพื่อหาสาเหตุการตายผิดธรรมชาติ
พิพิธภัณฑ์นี้ เริ่มก่อตั้งในสมัยของ ศ.นพ.สงกรานต์ นิยมเสน
ซึ่งท่านได้เป็นผู้ริเริ่มงานด้านนิติเวชศาสตร์ของศิริราชและดำรงตำแหน่งหัวหน้าภาควิชานิติเวชศาสตร์ในขณะนั้น
โดยในพิพิธภัณฑ์ประกอบด้วยส่วนจัดแสดงเกี่ยวกับนิติพยาธิวิทยา
แสดงชิ้นส่วนอวัยวะต่างๆ ของมนุษย์ที่ตายด้วยโรคตามธรรมชาติ
และตายโดยผิดธรรมชาติ เหตุการณ์มหันตภัยสึนามิ
การจัดแสดงเกี่ยวกับยาเสพติดชนิดต่างๆ วัตถุพยานหลักฐานจากศพจากคดีต่างๆ
เช่น ดีเอ็นเอ ลักษณะบาดแผลอาวุธ จากคดีฆาตกรรมฆ่าตัวตาย อุบัติเหตุ ฯลฯ
จัดแสดงกะโหลกศีรษะจำนวนมากที่ได้จากการทดลองยิงเพื่อการศึกษาทิศทางบาดแผลในระยะต่างๆ
รวมทั้งเครื่องมือที่ใช้ในการชันสูตรพระบรมศพ
และเสื้อผ้าในวันเกิดเหตุของคดีนวลฉวี ฯลฯ
พิพิธภัณฑ์กายวิภาค-คองดอนพื้นฐานการเรียนแพทย์คือ ต้องรู้จักร่างกายของเราทุกส่วน พิพิธภัณฑ์แห่งนี้จึงมีอวัยวะมากกว่า 2,000 ชิ้น เพื่อการเรียนรู้วิชากายวิภาคศาสตร์ เริ่มเก็บรวบรวมโดย ศ.เอ็ดการ์ เดวิดสัน คองดอน เรียนรู้ร่างกายมนุษย์ทุกระบบ ตั้งแต่ปฏิสนธิจนถึงวัยเจริญพันธุ์ รวมถึงแฝดชนิดต่างๆ มัดกล้ามเนื้อที่มีขนาดเล็กเท่าขนตาและกล้ามเนื้อที่ใหญ่สุดเท่าท่อนขา ที่ไม่ควรพลาด คือ ผลงานชำแหละเส้นประสาทและหลอดเลือดแดงทั้งร่าง สุดยอดฝีมือหนึ่งเดียวในโลกของ ศ.พญ.เพทาย ศิริการุณย์
ให้ความรู้ทั้งเชิงลึกทางวิชาการแพทย์และพัฒนาการจัดแสดงให้เหมาะสมกับปัจจุบัน แม้จะเปิดมาหลายสิบปี แต่ยังเป็นที่สนใจของคนทั่วไปพิพิธภัณฑ์ที่เปิดให้เข้าชมมี ๖ แห่ง รวมเรียกว่า “พิพิธภัณฑ์การแพทย์ศิริราช” สำหรับผู้สนใจเข้าชมห้องสมเด็จพระบรมราชชนกที่ตึกสยามินทร์ ห้องมหิดลอดุลเดช และ พิพิธภัณฑ์ออร์โธปิดิกส์ ติดต่อได้ที่หน่วยพิพิธภัณฑ์เช่นกัน
57 , 81 , 146 , 149 และ 157
เรือด่วนเจ้าพระยา ธงส้ม ธงเขียว ธงเหลือง โดยขึ้นเรือที่ท่ารถไฟ
เรือข้ามฟาก ท่าพระจันทร์-วังหลัง,ท่าพระจันทร์-รถไฟ,ท่าช้าง-วังหลัง
สถานีถนนอิสรภาพ โดยใช้ทางออกประตู 2
คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล
มหาวิทยาลัยมหิดล
และนำผลการประเมินไปพัฒนาปรับปรุงแก้ไขงานให้มีคุณภาพอย่างต่อเนื่อง